Protektorát Böhmen und Mähren byl tvrdou zkouškou pro české obyvatelstvo a jejich život. Vytvořila se nová protektorátní vláda, stejně tak česká exilová vláda v Londýně vedená prezidentem Edvardem Benešem. V čele protektorátní vlády stál státní prezident Emil Hácha, reálným držitelem moci však byl říšský protektor Konstantin von Neurath a ostatní státní činitelé se stali pouhými loutkami. Život v protektorátu nebyl jednoduchý, což ještě umocňovalo vítězné tažení Hitlerových vojsk Evropou. Byl zaveden přídělový systém, nucené práce, omezování kulturního a společenského života, zavádění norimberských zákonů a represe vůči židovskému obyvatelstvu. Slavným milníkem dějin byl atentát na zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha, který avšak v odvetě vedl k rozsáhlým represím vůči českému obyvatelstvu a vyhlazení obcí Lidice a Ležáky. V samém závěru války došlo ke květnovému povstání českého lidu a nacistickou okupaci následně definitivně ukončil postup spojeneckých armád.